Михаил Зыгарь был женат на Майе Стравинской. Молодые люди познакомились на работе, в издании «Коммерсант». Свадьба состоялась в 2009 году в Нью-Йорке, а затем для друзей и родственников прошло отдельное торжество в подмосковном отеле «Планерное». Спустя год Майя подарила супругу дочь. Других детей у мужчины пока нет. Потом они развелись.
Михаил Зыгарь ушел от жены к мужчине